Open Science
Péptido México Open Science
Péptido México Open Science mantiene una suite abierta de herramientas computacionales para cálculos de soluciones, caracterización derivada de secuencias, comprobaciones teóricas de LC-MS, representación estructurada de registros analíticos y ejecución reproducible de workflows relacionados con investigación con péptidos.
El ecosistema combina implementaciones para distintos runtimes, datos sintéticos versionados, resultados de referencia, contratos machine-readable y workflows portables para hacer explícitos los inputs, unidades, transformaciones y outputs esperados de operaciones que de otro modo pueden quedar ocultas dentro de una interfaz.
Código abierto · Datos sintéticos · Resultados reproducibles · Documentación versionada
Herramientas abiertas para investigación con péptidos
Las operaciones principales están disponibles tanto desde la calculadora web como mediante implementaciones programáticas, lo que permite inspeccionarlas, probarlas y reutilizarlas desde distintos entornos.
Calculadora de reconstitución de péptidos
La calculadora web resuelve relaciones entre cantidad, volumen, concentración y dilución utilizando unidades explícitas y conversiones consistentes. Su propósito es exponer de forma transparente los parámetros de entrada y el resultado calculado, en lugar de depender de conversiones implícitas dentro de la interfaz.
peptide-calculations
peptide-calculations implementa operaciones unit-aware para reconstitución, concentración, dilución, molaridad y conversión de unidades. Las implementaciones JavaScript/TypeScript y Python permiten reproducir la misma clase de cálculos fuera de la interfaz web y utilizarlos como componentes programáticos.
Herramientas de control analítico computacional
Otros componentes de la suite cubren propiedades derivadas de secuencias, cálculos relacionados con LC-MS y representación estructurada de registros analíticos.
peptide-qc
peptide-qc deriva propiedades computacionales a partir de una secuencia peptídica, incluyendo composición, fórmula elemental, masa y estimaciones fisicoquímicas como carga, punto isoeléctrico e hidropatía cuando la implementación correspondiente lo soporta.
lcms-peptide-qc
lcms-peptide-qc implementa cálculos reproducibles de masa y carga para generar valores m/z teóricos, enumerar estados de carga y cuantificar el error de masa en partes por millón frente a valores observados. No interpreta cromatogramas ni confirma identidad, pureza o calibración de un instrumento.
coa-schema
coa-schema define un contrato machine-readable basado en JSON Schema para representar y validar estructuralmente registros de materiales y certificados de análisis. Hace explícitos campos, tipos y restricciones de formato sin inferir autenticidad, identidad química ni validez experimental.
Datasets y benchmarks reproducibles
Los benchmarks del proyecto utilizan casos sintéticos con inputs y resultados de referencia para comprobar conversiones, límites de unidades y consistencia entre implementaciones sin depender de información de clientes o resultados experimentales.
Benchmark sintético de cálculos de reconstitución
El benchmark publicado contiene 12 casos sintéticos con entradas y resultados esperados para validar de forma determinista relaciones entre cantidad, concentración, volumen y unidades. El dataset está versionado y puede utilizarse como referencia independiente de la interfaz.
Workflows reproducibles
Las librerías pueden utilizarse individualmente, pero el proyecto también documenta cómo componer operaciones dentro de workflows ejecutables con inputs y outputs explícitos.
repro-lab-kit
repro-lab-kit compone cálculos derivados de secuencia, operaciones sobre soluciones y comprobaciones teóricas de LC-MS dentro de un workflow reproducible. La ejecución genera una salida JSON determinista con información de provenance y dispone de una representación CWL para ejecución portable.
Código, documentación y citación
El repositorio público conserva el código fuente, tests, historial de cambios y releases de la iniciativa. La documentación técnica describe instalación, interfaces y ejemplos de uso, mientras que los artefactos archivados permiten referenciar versiones concretas mediante identificadores persistentes cuando corresponde.
Open Science documenta la capa de software y reproducibilidad. La información sobre control de calidad de péptidos permanece en su sección analítica, la investigación sobre péptidos se organiza en el área bibliográfica y la información comercial se mantiene separada en el catálogo de péptidos de investigación.
Fuentes principales
Principios y alcance
Péptido México Open Science publica software, datos sintéticos, contratos estructurados y workflows reproducibles para operaciones computacionales relacionadas con investigación con péptidos.
Los benchmarks son sintéticos y se utilizan como casos de referencia para pruebas. No contienen datos de clientes, datos clínicos, archivos instrumentales ni COA comerciales.
Las herramientas computacionales no sustituyen procedimientos de laboratorio validados, software de instrumentos ni interpretación cualificada.
Los paquetes de software actualmente publicados se distribuyen bajo licencia MIT y el benchmark sintético bajo CC BY 4.0. Consulta el repositorio o registro de cada artefacto para confirmar la licencia aplicable a una versión concreta.
Preguntas sobre Péptido México Open Science
¿Qué es Péptido México Open Science?
Es la iniciativa de Péptido México para publicar herramientas computacionales, software, datos sintéticos y workflows reproducibles relacionados con investigación con péptidos.
¿Dónde está el código fuente?
El código fuente principal se mantiene públicamente en GitHub y la documentación técnica se publica en Read the Docs.
¿Los datos publicados proceden de clientes o muestras reales?
No. Los benchmarks descritos en esta iniciativa utilizan casos sintéticos y resultados de referencia.
¿Puedo utilizar la calculadora sin instalar software?
Sí. La calculadora de reconstitución está disponible directamente en el sitio, mientras que las implementaciones programáticas pueden utilizarse por separado.
¿Cómo se cita una versión?
Cuando un artefacto dispone de un DOI u otro identificador persistente, utiliza el registro correspondiente a la versión que estés consultando.